Kryształy cystyny są bezbarwne i mają charakterystyczny sześciokątny kształt (pierścień benzolowy) o równych lub nierównych bokach (ryc. 25-26).

Kryształy cystyny mogą występować pojedynczo, ale najczęściej gromadzą się warstwami. Wykrycie ich jest łatwiejsze w słabszym świetle, ponieważ odznaczają się minimalną grubością. Kryształy cystyny tworzą się najczęściej w gęstym i kwaśnym moczu. Jeżeli w wyniku infekcji bądź zanieczyszczenia bakteriami wytwarzającymi ureazę odczyn moczu zmieni się na zasadowy, może dojść do rozpuszczenia kryształów cystyny. Dodanie kwasu octowego, a następnie schłodzenie i odwirowanie może ułatwić wykrycie typowych struktur krystalicznych w moczu zasadowym. Kryształy cystyny nie rozpuszczają się w kwasie octowym, alkoholu, acetonie, eterze i wrzącej wodzie, natomiast ulegają rozpuszczeniu w amoniaku i kwasie solnym.

Interpretacja
Obecność kryształów cystyny w moczu to bardzo istotny wskaźnik. Kamienie cystynowe mogą się tworzyć u psów i kotów z zaburzeniami metabolizmu objawiającymi się obecnością kryształów cystyny w moczu, jednak nie wszystkie osobniki z cystynurią cierpią na cystynową kamicę moczową (w kwestii rozgraniczenia pomiędzy kryształami cystyny a struwitem i kryształami kwasu moczowego odsyłamy do dyskusji na temat kryształów fosforanu magnezu i kwasu moczowego).

Kryształy mogą tworzyć również niektóre leki wydalane w moczu. U psów i kotów do najbardziej znanych kryształów tworzących sie w moczu wskutek działania czynników farmakologicznych należą struktury tworzące się w wyniku przyjmowania sulfonamidów. Sulfonamidy mogą wytrącać się w moczu w postaci igiełek tworzących charakterystyczne przeźroczyste lub brązowe wiązki o ekscentrycznym układzie (ryc. 27-29). Mogą one również występować w formie struktur amorficznych bądź kulek w biegnące promieniście paski (ryc. 30). Dodatkowym potwierdzeniem obecności kryształów sulfonamidu może być dodatni wynik test ligninowego.

U ludzi obecność kryształów leucyny jest oznaką poważnego schorzenia wątroby. U psów natomiast rola kryształów leucyny nie została dotąd dokładnie zbadana (patrz też: Cystynuria u Nowofundlandów).